I december 1568 marscherade en väldig burmesisk armé in i Siam via passet Mae Lamao. Armén bestod inte bara burmeser utan också av mon, shan, lue, lao och soldater från Lan Na. Det lär också ha funnits ett stort antal portugiser i den burmesiska armén.

En handelsman från Venedig เวนิส vid namn Cesare Federici เซซาเร เฟเดริซี (cirka 1530-1600/1603) skriver att den burmesiska armén bestod av 1 400 000 man (!) och att förlusterna blev 500 000 man. Denne Caesar Federici befann sig i Indien och Burma under åren 1563-1581. Han hade kommit till Burma 1569. Andra källor nämner mera blygsamt 300 000 man och 5 000 elefanter. Man kan bara spekulera i vilka siffror som Pinto skulle ha dragit till med!

Utan att möta något större motstånd erövrade burmeserna först Kamphaengphet, tillsammans med Maha Thammarachas styrkor från norr, och drog sedan vidare mot Ayutthaya som belägrades på alla sidor. Kung Chakkraphat försök att uppbåda trupper för Ayutthayas försvar möttes av dålig entusiasm, då man uppenbart inte hyste något större förtroende för kungens förmåga att försvara staden.

Han lyckades uppenbart bara mobilisera en bråkdel av sina tillgängliga styrkor till Ayutthaya och många lär ha flytt ut i djungeln för att slippa delta i försvaret. Det var kanske bara de närmaste städernas regenter och deras personliga trupper som begav sig in i huvudstaden.

Kung Chakkraphat, som nu var gammal och utan framtidstro, blev sjuk strax efter att belägringen inleddes. Han dog 62 år gammal, i slutet av januari 1569, medan belägringen var i full gång.

Här finns det dock källor som säger att Chakkraphat skulle ha tvingats att avgå och bli munk efter invasionen. Kungatiteln hade därefter givits till Mahin. Chakkraphat efterträddes hur som helst av sin son Mahin, som hade fungerat som uparat efter att brodern Ramesuan förts bort till Burma 1564. Som kung fick han titeln Somdet Phra Mahinthrathirat (Somdet Phra Mahintharathirat) สมเด็จพระมหินทราธิราช (r. januari-augusti 1569).

I februari 1569 hade kung Mahin appellerat om hjälp från Setthathirath i Lan Xang. Han skickade också en armé med destination Ayutthaya, men hans trupper besegrades i Pa Sak-dalen vid Phetchabun innan de ens kommit i närheten av Ayutthaya.

Några historiker anser att kung Mahin var en ineffektiv ledare som passivt lät sina ministrar sköta stadens försvar. Andra säger att han lät Phraya Ram sköta regerandet och att han själv inledde ett kraftfullt försvar tillsammans med en rad andra adelsmän. Kungens unge bror, Si Sawaracha (Phra Si Saowarat) พระศรีเสาวราช, utmärkte sig genom sin tapperhet och militära skicklighet under belägringen.

Burmeserna tvingades till sist dra sig tillbaka från Ayutthaya till högre terräng för att vänta ut regntiden. Då landet återigen var torrt återvände Maha Thammaracha och Bayinnaung med sina styrkor till Ayutthaya. Kung Mahin lyckades försvara sig så väl att den burmesiske kungen blev missnöjd med Maha Thammaracha. Det var ju han som pressat på så hårt för ett nytt krig mot Ayutthaya.

Maha Thammaracha som kanske fruktade för sitt liv lämnade därför den burmesiska armén och tog sin tillflykt en bit nordöst om Ayutthaya. Här stannade han tills han fick kontakt med några siameser som i all hemlighet lovade att ta med ett brev till hans svärmor. Hon hette Phra Suwat พระสุวัฒน์ och befann sig liksom Maha Thammarachas hustru vid kung Mahins hov.

I brevet beklagade han sig över sin utsatta situation och om hans frus beteende och ville att Phra Suwat skulle berätta hur det stod till i Ayutthaya. Phra Suwat svarade också på brevet och bad dessutom sin dotter att försonas med sin man, vilket hon till sist också samtyckte till.

Därefter fortsatte brevväxlingen och Maha Thammaracha fick mycket värdefull information om läget i huvudstaden. Under tiden beslöt sig kung Bayinnaung för att lämna Siam. Armén hade nämligen fått stor brist på krut till sina vapen. Då skrev Maha Thammaracha ett brev till Bayinnaung där han bad honom om förlåtelse och där han också förklarade att en seger var nära förestående om han bara hade tålamod att stanna kvar ytterligare en kort tid. Följden blev att de två försonades, men det var med stor beslutsångest som Bayinnaung valde att stanna kvar.

Efter ännu ett brev från Maha Thammarat till Phra Suwat fick burmeserna oväntad hjälp av henne. Krut smugglades ut i en kista, som preparerats så att den såg ut att innehålla en död kropp. I kistan fanns också ett brev till Bayinnaung där Phra Suwat bad honom stanna och där hon också förklarade att Ayutthayas fall var nära. Hon lyckades sedan fortsätta med sina krutleveranser till burmeserna.

Därefter konspirerade Phra Suwat med kungens kommendant, Phraya Chakri พระยาจักรี. Phraya Chakri lämnade därefter staden med några få män för att frivilligt låta sig tas tillfånga av burmeserna. Phraya Chakri och Chaophraya Chakri เจ้าพระยาจักรี var höga ministertitlar. Längre fram kommer det att dyka upp flera Phraya Chakri och Chaophraya Chakri som inte behöver vara identiska med tidigare personer med samma titel.

Phraya Chakri fördes till kung Bayinnaung där han beskrev situationen i Ayutthaya för kung Bayinnaung och Maha Thammaracha. Efter en tids planering där han förklarade för Bayinnaung hur staden skulle intas begav han sig åter till Ayutthaya. En annan källa säger att Phraya Chakri tidigare hade varit tillfångatagen i samband med det tidigare omtalade "elefantkriget" 1564. Samma källa säger att Bayinnaung då skulle ha mutat honom för att bli en burmesisk spion.

Phraya Chakri uppenbarade sig nu i kedjor i Ayutthaya och förklarade att han infångats och därefter lyckats fly. Kung Mahin blev glad och frågade sin kommendant om tillståndet bland burmeserna. Phraya Chakri förklarade att de snart tänkte lämna Siam då deras förråd var på upphällningen. Därefter återinstallerades Phraya Chakri som siamesisk kommendant. Som ett led i sitt förräderi sägs det att Phraya Chakri lät placera ut dåligt tränade soldater i försvarets främsta led.

I maj blev kung Mahin avundsjuk på sin tappre yngre bror prins Si Sawaracha. Han anklagade honom för att själv ta på sig för mycket ansvar och lät faktiskt avrätta honom. Denna händelse bidrog naturligtvis till att ytterligare försvaga stadens försvar.

Den 8 augusti 1569 genomfördes en massiv burmesisk offensiv och den 30 augusti lyckades de slå hål på Ayutthayas försvar. Anfallet skall, enligt Jeremias van Vliet, ha underlättats av att Phraya Chakri packat krutet löst i vapnen samt medvetet ha siktat dåligt. Dessutom påstår han att Phraya Chakri hade öppnat en av stadsportarna. Det finns andra källor som hävdar att Ayutthaya föll den 11 september 1569 efter nio månaders belägring!

Kanske hade Bayinnaung och Maha Thammaracha en överenskommelse om att Ayutthaya inte skulle fördärvas mer än nödvändigt om staden intogs. Den erövrade huvudstaden behandlades nämligen relativt skonsamt, vilket var ovanligt vid denna tid. Men det plundrades förstås grundligt, togs krigsbyte i vanlig ordning och tusentals fångar fördes bort, både vanligt folk och adel.

Burmeserna valde ut unga och friska människor och stora delar av befolkningen i Siam, och speciellt från norr, förslavades och tvångsförflyttades. En källa talar om 70 000 fångar. Enorma områden avfolkades och växte igen. Detta var en oerhört svår tid för siameserna som dock förvånansvärt snabbt skulle återhämta sig igen de kommande årtiondena.

Den burmesiska historien säger att kung Bayinnaung lät avrätta Phraya Ram kort tid efter Ayutthayas fall. Bayinnaung stannade kvar i Ayutthaya en tid och lämnade staden någon gång i november 1569.