En väldig flotta från Aceh attackerade portugisernas Malacka 1640. Styrkan bestod av 236 fartyg och 20 000 man. Attacken misslyckades men skadade stadens försvar. Endast några månader senare, i januari 1641, attackerades Malacka ännu en gång. Denna gång av nederländarna, med assistans av omkring 1 500 malajer från Johor, vilket ytterligare försvagade staden. Attacken och en efterföljande belägring varade i över ett år. Nederländarna hade attackerat både med mark- och flottstyrkor, medan Johor bidrog med en landstyrka.

Inne i staden svalt befolkningen som tvingades äta katter, hundar, ormar, råttor och läder och mödrar tvingades till och med att äta sina döda spädbarn. Malaria มาลาเรีย, tyfus och kolera drabbade också både fienden och försvararna hårt. Den nederländske generalen som stod för belägringen rapporterade att han mist halva sin styrka. Han sade att han mist strax under 1 000 man i strid och i epidemier. Han uppskattade också att omkring 7 000 av de 10 000 belägrade hade dött.

Till sist lyckades nederländarna ta sig in i den belägrade staden där portugiserna fortsatte att kämpa på gatorna och de gav inte upp förrän deras kommendant hade dödats. Den nederländske generalen hade imponerats så mycket av deras mod att han lät begrava de döda portugiserna med full ärebevisning och han tillät dessutom de överlevande försvararna att ta med sig sina ägodelar och segla till Goa. Detta fick generalen senare allvarlig kritik för av aktieägarna i det nederländska Ostindiska kompaniet. Man hade enligt kompaniet gått miste om stora mängder guld och juveler samt värdefulla slavar.

Samtidigt som Malacka belägrades 1641 jagade ett nederländskt fartyg och dess marinsoldater i väg portugiserna från Phuket. Portugisernas nästan 130 år långa dominans i området var nu över och Malacka var förvandlat till en ruinhög. Enligt ett avtal mellan nederländarna och Johor från 1606 tog det nederländska Ostindiska kompaniet över kontrollen över Malacka. Malacka skulle formellt förbli under nederländskt styre ända till undertecknandet av ett traktat med britterna 1824.