Efter att burmeserna ännu en gång hade försvagats begav sig siameserna åter ut på erövringståg och Pegu återerövrades 1622. Fredsavtalet från 1618 var uppenbart glömt. Se även den tidigare artikeln "Burma återtar kontrollen över Chiang Mai 1615." Toungoodynastin satt dock i säkerhet i sitt hemland i övre Burma och överlevde dessa angrepp från Siam och så småningom drogs de siamesiska styrkorna tillbaka och burmesernas herradöme över Pegu återupprättades 1628.

Det såg en tid ut som det verkligen skulle bli ett hållbart förbund mellan burmeserna och monfolket och att landet skulle moderniseras genom påverkan från utlandet. De burmesiska härskarna tycks emellertid inte ha trivts i monfolkets land eller också fanns det andra skäl till att de inte ville ha denna del av riket som politiskt centrum.

Monfolket var förmodligen heller inte speciellt glada över att styras av burmeserna och Pegu låg utsatt för eventuella siamesiska attacker. Irrawaddys delta var dessutom vid denna tid inte alls det tätbefolkade risproducerande område som det senare blev, utan en fattig landsdel utan någon större risproduktion.

Burmesernas härskare flyttade därför ännu en gång till Ava 1635, som låg 600 kilometer från havet. En flodfärd upp hit kunde ta ända upp till två månader. I fortsättningen och ända fram till slutet av 1800-talet skulle Burmas politiska centrum ligga kvar uppe i övre Burma. Visserligen erbjöd Toungookungarna vid flera tillfällen européerna att driva handel i deras hamnstäder, men någon egentlig uppmuntran fick de inte. Burma fortsatte att leva tillbakadraget och självförsörjande och förblev ganska opåverkat av omvärlden.

Den burmesiska kulturen skyddades från nya idéer och skapade en isolerad traditionell kultur som dock medförde en viss kulturell enighet och styrka. Denna enighet, som grundades på denna självpåtagna isolering, skulle drabba landet hårt då de nya idéerna på 1800-talet inte längre gick att stoppa.

Att beslutet att flytta det politiska centrumet till Ava inte varit helt omotiverat visade sig då Burma hotades av händelser utlösta av Mingdynastins fall i Kina 1644. Den siste Mingkejsaren drevs ut ur Yunnan 1658 och flydde nämligen till Burma. Han förföljdes av manchutrupper som härjade drog fram i norra Burma och som också vid ett tillfälle belägrade Ava. Du kan läsa mera om detta längre fram i artikeln ”Kina invaderar Burma - Siam invaderar Chiang Mai.”

Under större delen av 1600-talet böljade strider fram och tillbaka mellan Siam och Burma. Ingen av parterna kunde uppnå en tillräcklig övervikt och de båda länderna åderlät varandra genom ständiga plundringar. Befolkningsmängden minskade, näringslivet krympte och utlandshandeln upphörde nästan helt. Samtidigt skall det nämnas att europeiska äventyrare spelade en störande roll i både Ayutthaya och i Burma.

Efter att burmeserna lämnat Pegu återtog monfolket sin gamla huvudstad Pegu och de fick återigen etablerat ett eget kungadöme i södra Burma.