Siameserna hade som tidigare nämnt avbrutit aktionen i Kambodja, då det kom dåliga nyheter från Thonburi. Det ryktades att kung Taksin blivit galen och att det hade uppstått ett uppror i Ayutthaya. Chaophraya Chakri hade lämnat över kommenderingen av den siamesiska armén till sin bror Chaophraya Surasi, innan han skyndade sig hem mot Thonburi.

Ledarna för upproret var kända som Khun Sa ขุนสระ och Khun Kaeo ขุนแก้ว. Anledningen till upproret skall ha varit att guvernören Phraya Intara-aphai (Phraya Inthara--aphai) พระยาอินทรอภัย och hans skatteindrivare Phra Vichit-Narong (Phra Wichit Narong) พระวิชิตณรงค์, som utsetts av kung Taksin, gjort sig impopulära och ökända på grund av deras rovgirighet.

Upprorsmakarna hade därefter attackerat guvernörens palats i Ayutthaya. Guvernör Phraya Intara-aphai lyckades fly till Thonburi, men hans hus och tillhörigheter brändes och hans hustru och barn blev mördade, och i Thonburi rapporterade guvernören om det inträffade till kung Taksin.

Det visade sig nu att det fanns en äldre bror till rebelledaren Khun Kaeo, som var anställd i kunglig tjänst vid kungens vapenförråd i Thonburi. Hans namn var Phraya San พระยาสรรค์ (eller Phraya Sankhaburi พระยาสรรคบุรี) och det råkade bli han som skickades i väg för att kuva upproret. Då Phraya San kommit fram till Ayutthaya och pratat med upprorsmakarna fattade han i stället sympati för deras sak. Han gick så långt att han slog sig samman med rebellerna och utsågs dessutom till deras ledare.

Gemensamt begav sig upprorsmakarna till Thonburi där de omringade det kungliga palatset. Strider mot kungens män pågick under en hel natt, men det visade sig att motståndet var svagt, vilket tyder på att kungen inte hade något större stöd. Denna händelse han ha inträffat under februari månad 1782.

I gryningen skickade kung Taksin bud efter överstepatriarken vid Wat Hong Rattanaram วัดหงส์รัตนาราม och två andra höga munkar, för att genom deras medling underkasta sig Phraya San. Phraya San bad sedan munkarna att ordinera Taksin som munk fram till dess Chaophraya Chakri återvänt från Kambodja. Han blev därefter ordinerad som munk i Wat Chaeng (Wat Arun).

Taksin hölls därefter under sträng bevakning vid Wat Chaeng (Wat Arun) tillsammans med sin brorson prins Anurak Songkhram (Kromma Khun Anurak Songkhram) กรมขุนอนุรักษ์สงคราม (?-1782). Anurak Songkhram hette från början Bunmi บุญมี. Innan han utsågs till Kromma Khun var han känd som Chao Rammalak เจ้ารามลักษณ์.

Taksin blev sedan avsatt av sina ministrar den 4 april 1782 efter att ha förklarats tokig. Alla ämbetsmän var överens om att Chaophraya Chakri skulle erbjudas tronen. Styret lämnades sedan över till Phraya San och han skulle verka som tillfällig regent fram till Chaophraya Chakris hemkomst.

Från början hade Phraya San tänkt överlämna makten till Chaophraya Chakri, men han ångrade sig. Han planerade därför att låta prins Anurak Songkhram mörda Chaophraya Chakri och informerade prinsen om sina planer. Prins Anurak Songkhram fick därefter oinskränkta resurser att skaffa vapen och mobilisera en armé. Chaophraya Chakri hade skickat sin systerson guvernören av Nakhon Ratchasima (Khorat), Phraya Suriya Aphai (Phraya Suriya-aphai) พระยาสุริยอภัย (28 mars 1746-20 december 1806), i förväg för att ta reda på vad som stod på i Thonburi och säkra staden inför hans hemkomst.

Nu blir det komplicerat och rörigt med Phraya Suriya Aphais namn och titlar. Han var född som Thong In ทองอิน och var först i Taksins tjänst med titeln Luang Ritnaiwen หลวงฤทธิ์นายเวร. Han hade 1780 blivit utnämnd till Phraya, samtidigt som han blev guvernör över Nakhon Ratchasima. Längre fram kommer han dyka upp under prinstiteln Anurak Devesh (Chao Fa Krom Phra Anurak Thewet) เจ้าฟ้ากรมพระอนุรักษ์เทเวศร์.

Det finns källor som påstår att Chaophraya Chakri själv hade planerat en kupp mot Taksin och att det var därför som han skickat sin brorson Phraya Suriya Aphai till Thonburi för att förbereda den. Läget hade emellertid komplicerats då Phraya San erövrade Thonburi.

Då prins Anurak Songkhram upptäckte att Suriya Aphai återvänt till Thonburi försökte han sätta eld på Suriya Aphais hus och strider mellan de två grupperna utbröt samma kväll. Då branden härjade i Thonburi vädjade Chaophraya Surasis hustru Sri Anocha till Pegu om hjälp till Suriya Aphai. Phraya San, som inte ville visa sig öppet i konflikten, insåg till sist att hans motståndare var för starka. Han svek nu helt enkelt prins Anurak Songkhram som fick kämpa ensam mot övermakten. Anurak Songkhrams armé skingrades och han flydde, men blev snabbt infångad vid templet Wat Yang วัดยาง.

Suriya Aphai beordrade att Taksin skulle släppas fri, men Phraya San låtsades omedveten om denna order och höll honom under fortsatt hård bevakning medan han väntade på Chaophraya Chakris hemkomst. Under tiden var general Chakri på väg hemåt så fort som hans elefant och soldater kunde marschera och den 6 april 1782 var han framme. En källa säger att han kom hem tjugoåtta dagar efter Phraya Sans kupp. Phraya San gick nu ut för att möta honom och visa sin underkastning, då det var uppenbart att general Chakri hade armén på sin sida.

Phraya San försökte spela ovetande om allt som hänt, men hans dubbelspel blev naturligtvis avslöjat av prins Anurak Songkhram och Phraya San blev avrättad genom halshuggning. Anurak Songkhram blev också avrättad 1782. Det var ett kungligt råd som kommit fram till att Phraya Sans avsättande av kung Taksin hade varit högförräderi och en sådan man kunde man ju inte lita på och måste straffas med döden. Chaophraya Chakri hade valt att följa sina rådgivares rekommendation.